НДФЛ необходимо уплатить по месту нахождения структурного подразделения, а военный сбор - по месту регистрации юридического лица

Налог на доходы физических лиц (НДФЛ) налоговым агентом - юридическим лицом зачисляется в соответствующий бюджет по его местонахождению (расположению) в объемах налога, начисленного на доходы, выплачиваемые физическому лицу (статья 64 Бюджетного кодекса).
НДФЛ, который начислен работникам неуполномоченного обособленного подразделения (структурного подразделения, расположенного в другой территориально-административной единице), юридическое лицо перечисляет в местный бюджет по местонахождению такого подразделения (абзац 2 подпункта 168.4.3 Налогового кодекса).
Эта норма Кодекса регламентирует порядок перечисления налога в местный бюджет, а поскольку военный сбор зачисляется в государственный бюджет, ее нельзя применять к военному сбору.
Таким образом, военный сбор юридическое лицо как за себя, так и за обособленное подразделение, перечисляет в бюджет по своему местонахождению (месту регистрации).